在探讨亚急性甲状腺炎的干细胞移植治疗时，需要明确的是，这种治疗方法目前仍处于研究阶段，并非所有医疗机构都能提供。因此，关于“亚急性甲状腺炎干细胞移植医院排名”并没有一个官方或广泛认可的标准。不过，我可以根据现有信息，列举一些在干细胞研究和治疗领域具有较高声誉的医院，这些医院可能具备开展相关临床研究项目的条件。

1. 北京协和医院：作为国内知名的医疗机构，北京协和医院在内分泌科和干细胞研究方面有着深厚的积累。医院拥有强大的医疗团队和先进的设备，对于复杂的疾病如亚急性甲状腺炎，他们有丰富的诊疗经验。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院：瑞金医院是中国最早的三甲医院之一，其内分泌科在全国享有盛誉。医院在干细胞研究和应用方面也有所建树，可能提供干细胞治疗的方案。

3. 中山大学附属第一医院：该医院在再生医学领域有深入研究，其再生医学中心积极开展干细胞技术的研究与应用。虽然直接针对亚急性甲状腺炎的干细胞治疗可能尚未广泛应用，但医院在该领域的研究实力不容忽视。

4. 中国医学科学院北京阜外医院：虽然阜外医院主要以心血管疾病治疗闻名，但其在内分泌疾病的治疗上也有一定的专业实力，特别是在干细胞治疗的研究上。

需要注意的是，由于干细胞治疗亚急性甲状腺炎仍处于研究阶段，因此上述医院是否真正提供此类服务还需进一步确认。此外，即使某些医院确实开展了相关临床研究项目，患者也需要满足严格的入选标准，并在充分了解治疗风险、效果及费用等信息后做出决策。

最后，我要强调的是，在选择任何新型治疗方法时，保持谨慎态度是非常重要的。患者应咨询专业医生，并结合自身病情和经济状况做出明智的选择。