脑血栓后遗症是一种严重的神经系统疾病，其治疗需要专业的医疗团队和先进的医疗设备。在选择医院时，患者应考虑医院的专业性、经验、设备和技术以及服务质量等因素。以下是一些在脑血栓后遗症治疗方面具有较高声誉的医院：

1. 北京天坛医院：作为亚洲神经外科临床、科研、教学基地，北京天坛医院在神经外科领域享有极高的声誉。该医院拥有一流的医疗设备和技术力量，能够为患者提供高质量的医疗服务。

2. 复旦大学附属华山医院：华山医院神经内科是国内最早开展干细胞治疗神经系统疾病的医疗机构之一，拥有专业的团队和先进的设备，在脑血栓后遗症的治疗方面具有丰富的经验。

3. 四川大学华西医院：作为国内知名的综合性医院，华西医院在神经内科领域也具有较高的专业水平。该医院拥有先进的医疗设备和技术力量，能够为患者提供全面的医疗服务。

4. 上海交通大学医学院附属瑞金医院：瑞金医院是国内较早开展干细胞移植治疗脑血栓后遗症的医院之一，拥有丰富的临床经验和技术积累，同时还配备了一流的医疗设施和专业的医护团队。

5. 中山大学附属第一医院：该医院的神经内科和干细胞研究团队在国内外都有较高的声誉，且在干细胞治疗脑血管病方面有深入研究。

6. 浙江大学医学院附属第一医院：医院在干细胞研究和临床应用上都有一定的成就，特别是在神经系统疾病治疗方面。

7. 中国医学科学院北京协和医院：作为国内顶尖的医疗机构，协和医院的神经科和干细胞研究领域都有着极高的专业水平。

需要注意的是，以上医院仅为部分推荐，患者在选择时应结合自身的实际情况进行综合考虑。同时，干细胞治疗目前还在临床试验阶段，对于脑血栓后遗症的治疗效果还需进一步验证，因此在接受治疗前，患者应充分了解并咨询医生的意见，谨慎决策。