在江苏南京，有多家医院在干细胞移植领域具有较高的声誉和丰富的经验。以下是一些值得推荐的医院：

1. 南京鼓楼医院：作为一所集医疗、教学、科研为一体的综合性大型三级甲等医院，南京鼓楼医院拥有深厚的医学研究基础和丰富的临床经验。该医院的干细胞研究室在国内外享有盛誉，尤其在间充质干细胞（MSC）治疗方面取得了多项突破，如异体间充质干细胞治疗难治性红斑狼疮的技术已获得江苏省科学技术奖一等奖，并显著提高了患者的生存率。此外，南京鼓楼医院还成功应用干细胞技术治疗卵巢早衰、宫腔粘连等多种病症，并在多项疾病的治疗上取得了显著成效。

2. 东部战区总医院：作为一所公立三甲医院，东部战区总医院在干细胞研究和应用领域也具有较高的水平。该医院拥有多个国家重点学科和全军医学研究所，技术力量雄厚。在干细胞移植方面，东部战区总医院积累了丰富的经验，并在多个疾病领域取得了显著的治疗效果。

3. 南京医科大学附属南京医院（南京市第一医院）：作为江苏省首批三级甲等综合性医院，南京医科大学附属南京医院在血液病等领域具有较高的诊疗水平。虽然该医院在干细胞移植领域的具体成就可能不如南京鼓楼医院和东部战区总医院突出，但其综合实力和医疗水平仍值得信赖。

4. 南京医科大学附属南京儿童医院：这是一家专门治疗儿童疾病的医院，拥有世界一流的医疗技术和设施。该医院在儿童血液病及恶性肿瘤的干细胞移植方面处于国内领先地位，多次完成高难度的干细胞移植手术，并取得了显著的治疗效果。

5. 东南大学附属中大医院：作为南京医科大学的重要附属医院，中大医院在医学研究和临床治疗方面同样具有较强的实力。虽然该医院在干细胞移植领域的具体排名可能稍逊于上述几家医院，但其医疗水平和服务质量仍然值得信赖。

综上所述，南京鼓楼医院和东部战区总医院在干细胞移植领域具有较高的声誉和丰富的经验，是江苏南京地区做干细胞移植较好的选择。然而，哪家医院更有效还需根据患者的具体情况和医生的建议来综合判断。在选择医院时，建议患者充分了解各医院的专业水平、设备设施、医护人员素质以及治疗方案等信息，以便做出明智的选择。