在重庆，有多家医院在肾功能衰竭治疗方面表现出色，以下是一些值得推荐的医院：

1. 陆军军医大学第一附属医院：该医院是一所集医疗、教学、科研和预防、保健、康复于一体的现代化综合性“三级甲等”医院。其肾科擅长各种原发及继发性肾病、急慢性肾功能衰竭、慢性移植肾病的诊治，对应用特殊免疫抑制剂治疗各种难治性肾脏病、重症狼疮性肾炎有一定研究。

2. 重庆医科大学附属第一医院：作为重庆市的重点医疗机构之一，拥有丰富的临床经验和先进的医疗设备。其肾病内科是上世纪90年代初，在来自上海医科大学的全国知名肾脏病专家、毒理学专家郑伟如教授和心血管病专家陈运贞教授的指导下建立起来的、在西南地区有相当知名度的、集临床、教学和科研为一体的肾脏病专科。

3. 陆军军医大学新桥医院：该医院肾内科是国家中医药管理局重点专科、重庆市肾脏病研究所、肾脏病博、硕士学位授予单位、国家临床药物实验机构、全国县级医院血液净化培训基地、重庆市血透专科护士培训基地。学科实力强大，始建于1970年，是全国最早建立的肾脏病专科之一。

4. 重庆大坪医院：中心由原陆军军医大学第三附属医院(对外称大坪医院)和野战外科研究所重建而成。位于重庆市渝中区，坐落在两江环抱、风景秀丽的佛图古关上，南俯长江，北瞰嘉陵，山水辉映，是全军唯一集医疗、教学、科研为一体的大型综合性军队医疗卫生机构，为国家首批三级甲等医院，中央首长来。

5. 重庆医科大学附属第二医院：该医院肾内科始建于70年代末，秉承“克宽克仁、彰信兆民”精神、“关怀、专注、创新”理念，不断进取，1995年成为肾脏病学硕士学位授予点，2000年成为肾脏病学博士学位授予点，2006年成为国家药物临床试验基地(肾脏病学专业)，2012年卫生部。

6. 重庆市人民医院：该医院肾内科始建于1988年，是重庆市最早开展血液净化治疗的医院之一，现有住院病床64张，科室内设肾脏科病房、血液净化室、重庆市肾脏病透析治疗研究室、腹膜透析室、肾脏病专科门诊、风湿免疫门诊、肾脏病中西医结合门诊。拥有进口血液净化机48台、进口CRRT。

这些医院在肾功能衰竭的治疗方面都有着丰富的经验和专业的团队，患者可以根据自己的实际情况和需求选择合适的医院进行治疗。也建议患者在选择医院时，多了解医院的口碑、医生的专业背景和经验等信息，以便做出更明智的选择。