治疗扁平疣的医院选择需要综合考虑多个因素，包括医院的专科实力、医生的经验、设备的先进程度以及患者的个人情况等。以下是关于治疗扁平疣哪家医院口碑最好的一些信息：

1. 北京协和医院皮肤科：作为国内知名的综合性大型三甲医院之一，北京协和医院皮肤科在扁平疣的治疗方面具有较高的专业水平和丰富的临床经验。该科室拥有一支由多名资深专家组成的医疗团队，能够为患者提供个性化的治疗方案和全方位的医疗服务。同时，该科室还配备了先进的医疗设备和技术，如激光治疗、冷冻疗法等，能够有效地帮助患者缓解症状并促进康复。

2. 上海华山医院皮肤科：上海华山医院皮肤科是国内著名的皮肤病专科医院之一，其在扁平疣的治疗方面也有着较高的声誉。该科室拥有一支由多名资深专家组成的医疗团队，能够根据患者的具体情况制定个性化的治疗方案。同时，该科室还注重科研与教学相结合，不断引进新技术和新方法，提高治疗效果和服务质量。

3. 广州中山大学附属第三医院皮肤科：广州中山大学附属第三医院皮肤科是一家集医疗、教学、科研于一体的大型综合性医院。该科室拥有一支由多名资深专家组成的医疗团队，能够为患者提供个性化的治疗方案和全方位的医疗服务。同时，该科室还配备了先进的医疗设备和技术，如激光治疗、冷冻疗法等，能够有效地帮助患者缓解症状并促进康复。

总之，以上三家医院都是在扁平疣治疗方面具有较高口碑的医院。选择哪家医院需要根据患者的具体情况进行综合考虑，包括距离、交通、医保等因素。建议患者在选择医院时多了解相关信息，咨询医生的意见，以便做出更加明智的选择。