携带种系遗传变异的40岁以下乳腺癌患者发生第二次乳腺癌的风险显著增加。这一现象的原因主要有以下几点：

首先，种系遗传变异意味着患者从父母那里继承了易感基因，这些基因可能增加患癌风险。例如，BRCA1和BRCA2基因突变是已知的高风险因素，它们会显著提高乳腺癌的发生概率。

其次，年轻患者的乳腺组织通常更为密集，这导致肿瘤更难以被早期发现。而早期发现对于预防复发至关重要。

再者，年轻女性往往处于生育高峰期，激素水平的变化也可能影响乳腺癌的发展和复发。

此外，生活方式因素，如饮食习惯、体重管理和运动习惯等，也可能对乳腺癌的复发风险产生影响。

最后，治疗选择也是一个重要因素。年轻患者可能更倾向于接受保乳手术和放疗，而这些治疗方法可能不如全乳切除那样有效降低复发风险。

综上所述，携带种系遗传变异的40岁以下乳腺癌患者面临较高的第二次乳腺癌风险，这需要通过综合的遗传咨询、定期筛查、健康的生活方式以及个性化的治疗策略来管理。