干细胞治疗混合性结缔组织病的费用相对较高。这主要是因为干细胞治疗是一种先进的医疗技术，涉及到复杂的细胞培养、分离和移植过程，需要高度专业的设备和技术人员。此外，干细胞治疗通常需要在特定的医疗机构进行，这些机构往往配备了先进的医疗设备和高水平的医疗团队，因此治疗费用也相应较高。

首先，干细胞治疗需要从患者自身或其他供体中提取干细胞，这一过程需要严格的无菌操作和精确的技术控制，以确保干细胞的质量和活性。其次，提取出的干细胞需要进行培养和扩增，以达到足够的数量用于治疗，这一过程需要耗费大量的时间和资源。再者，干细胞治疗还需要进行免疫抑制治疗，以防止患者的免疫系统排斥移植的干细胞，这也会增加治疗的成本。

综上所述，干细胞治疗混合性结缔组织病的费用较高，主要是由于其技术复杂性、设备要求高以及治疗过程中的多重步骤所致。患者在考虑接受干细胞治疗时，应充分了解治疗的可能效果和风险，并根据自身的经济状况做出合理的选择。同时，也应考虑到医疗保险可能对治疗费用的覆盖情况，以减轻经济负担。