上海在干细胞临床研究领域拥有众多知名的医疗机构，但要评价哪家医院的效果更好，并非一件简单的事情，因为这涉及到多个方面的考量，包括科研水平、临床应用成功率、患者反馈以及医院的综合实力等。不过，从目前业界的声誉和科研成果来看，有几家医院在干细胞治疗领域表现突出。

首先，复旦大学附属华山医院在神经科学领域具有深厚的研究基础，其在干细胞治疗神经系统疾病方面取得了显著进展，利用干细胞技术治疗神经退行性疾病和神经损伤修复的研究处于国内领先水平。华山医院的科研团队不断探索干细胞治疗的新方法，为患者提供了新的治疗希望。

上海交通大学医学院附属瑞金医院也在干细胞临床应用上展现了强大的实力，特别是在血液系统疾病和免疫性疾病的治疗上，瑞金医院通过干细胞移植技术成功治愈了众多患者，其研究成果在国内外享有盛誉。瑞金医院的干细胞治疗中心配备了先进的设备和技术，确保了治疗的安全性和有效性。

此外，上海市第六人民医院在骨科及运动医学领域的干细胞治疗也颇具特色，尤其是在骨关节退化、软骨损伤修复等方面，通过干细胞技术帮助许多患者恢复了行动能力，提高了生活质量。该医院采用个性化治疗方案，结合患者具体情况制定最适合的干细胞治疗计划。

当然，选择最合适的干细胞治疗医院时，除了考虑医院的专业水平和科研成果，还需要综合考虑医院的医疗环境、服务质量、患者评价等因素。最重要的是，与医生进行充分的沟通，了解治疗的风险、预期效果以及可能的替代方案，做出最为明智的选择。

每家医院都有其独特的优势和专长，因此在比较“哪家效果更好”时，并没有一个绝对的答案。建议患者在决定接受干细胞治疗前，详细咨询并对比各家医院的情况，结合自身病情和需求，选择最适合自己的治疗方案。