目前，国内多家医院都在开展间充质干细胞治疗的研究和应用，但具体到月经不调这一症状，以下几家医院具有较高的医疗水平和良好的口碑：

1. 南京鼓楼医院：南京鼓楼医院在干细胞治疗卵巢早衰方面取得了显著成果，并成功诞生了我国干细胞治疗卵巢早衰临床研究的首个健康宝宝。这表明该医院在干细胞治疗领域具有丰富的经验和先进的技术。

2. 北京协和医院：作为国内顶尖的医疗机构之一，北京协和医院在妇科疾病的诊断和治疗方面具有深厚的底蕴。虽然具体到间充质干细胞治疗月经不调的案例可能较少公开报道，但其整体医疗水平和科研实力为患者提供了有力的保障。

3. 上海交通大学医学院附属仁济医院：仁济医院在干细胞研究和应用方面也具有一定的实力。该医院拥有先进的医疗设备和技术力量，能够为患者提供高质量的医疗服务。

4. 中山大学附属第一医院：中山大学附属第一医院在妇科疾病的诊疗方面具有较高的声誉。该医院注重科研创新和临床实践相结合，不断探索新的治疗方法和技术手段。

需要注意的是，间充质干细胞治疗月经不调仍处于研究阶段，尚未形成成熟且广泛认可的临床指南。现有的临床试验数量较少，且多数为初步探索性研究，主要集中在评估干细胞治疗的安全性和可行性上。因此，在选择医院和治疗方案时，患者应充分了解相关信息，并在专业医生指导下做出决策。同时，持续关注该领域的最新研究成果也是非常重要的。