在南京，有多家医院具备进行干细胞移植的资质和经验。以下是一些值得推荐的医院：

1. 南京鼓楼医院：作为江苏省内的重点医疗机构之一，南京鼓楼医院拥有国内先进的医疗设备和优秀的医护人员。该医院设有干细胞研究室，拥有一支专业的干细胞移植团队，尤其在血液病、肿瘤等领域的研究和治疗水平较高。此外，该院的干细胞研究团队在国内外享有盛誉，尤其在间充质干细胞（MSC）治疗方面取得了多项突破。

2. 江苏省人民医院：作为全国首批干细胞移植备案机构之一，江苏省人民医院在造血干细胞移植方面积累了丰富经验，为众多恶性血液病患者带来了新生。同时，该院注重科研创新，与江苏睿源生物技术有限公司合作开展的人脐带血间充质干细胞注射液治疗狼疮性肾炎的临床试验显示出良好的安全性和初步疗效。

3. 南京市中医院：其细胞治疗科是南京市最早开展干细胞治疗的专业科室之一，拥有高水平的医疗团队和完善的治疗设施。该科在免疫细胞治疗、间充质干细胞治疗等方面积累了丰富的经验。

4. 南京军区总医院血液病研究所细胞治疗中心：作为一家专门从事细胞治疗研究和临床应用的机构，该中心拥有一流的技术水平和先进的设备。其在造血干细胞移植、CAR-T细胞治疗等领域取得了显著成果。

5. 东部战区总医院：这是一家大型现代化综合性医院，在血液病的诊治和造血干细胞移植方面具有较高的水平。医院拥有专业的医疗团队和先进的医疗设备，能够为患者提供全方位、高质量的医疗服务。

6. 南京同仁堂干细胞研究中心：专注于干细胞研究和临床应用，拥有一流的技术水平和先进的设备。该中心在间充质干细胞治疗、CAR-T细胞治疗等方面具有丰富的经验和专业的团队。

7. 南京市第一医院：也是南京地区较早开展造血干细胞移植的医院之一，其血液科是江苏省内的重点专科，拥有先进的设备和专业的医疗团队。医院在骨髓移植和外周血干细胞移植方面均取得了显著的成果。

8. 南京医科大学附属逸夫医院：其细胞治疗中心同样是一家专业的细胞治疗机构，拥有一流的技术水平和完善的治疗设施。该中心在造血干细胞移植、免疫细胞治疗等领域取得了显著的成果。

需要注意的是，干细胞治疗仍处于发展阶段，治疗效果和安全性仍需进一步验证。因此，在选择干细胞治疗时，患者应充分了解相关信息，并根据自身情况选择合适的医院和医生进行咨询和治疗。同时，也应选择正规、合法的医疗机构进行治疗，以确保治疗的安全和有效性。