南京批准的干细胞医院包括南京鼓楼医院、江苏省人民医院和南京市第一医院等。这些医院在干细胞治疗领域均取得了显著成就，但具体哪家更有效需要根据患者的病情、治疗方案以及医生的经验等多方面因素综合考虑。

1. 南京鼓楼医院：作为一所集医疗、教学、科研为一体的综合性大型三级甲等医院，南京鼓楼医院的干细胞研究团队在国内外享有盛誉。该院在间充质干细胞（MSC）治疗方面取得了多项突破，例如异体间充质干细胞治疗难治性红斑狼疮的技术已获得江苏省科学技术奖一等奖，并显著提高了患者的生存率。此外，该院还成功应用干细胞技术治疗卵巢早衰、宫腔粘连等多种病症，并在糖尿病治疗方面也取得了显著进展。

2. 江苏省人民医院：作为全国首批干细胞移植备案机构之一，江苏省人民医院在造血干细胞移植方面积累了丰富经验。该院血液内科已完成多例造血干细胞移植手术，为众多恶性血液病患者带来了新生。同时，该院还注重科研创新，与江苏睿源生物技术有限公司合作开展的人脐带间充质干细胞注射液治疗狼疮性肾炎的临床试验，已显示出良好的安全性和初步疗效。

3. 南京市第一医院：虽然未直接提及该院在干细胞治疗方面的具体成就，但作为南京医科大学的重要附属医院，其在医学研究和临床治疗方面同样具有较强的实力。该院可能也参与了干细胞治疗的相关研究和临床应用。

至于哪家干细胞医院更有效，这并非一个绝对的答案。因为干细胞治疗的效果受到多种因素的影响，包括患者的病情、治疗方案的选择、医生的经验以及治疗过程中的个体差异等。因此，在选择干细胞医院时，患者应充分考虑自身情况，选择具有相应资质和经验的医疗机构进行治疗。

总之，干细胞治疗是一项高度专业化的医疗服务，患者在选择时应充分了解相关信息并咨询专业医生的意见。