间充质干细胞治疗肾盂肾炎是一种新兴的治疗方法，目前在国内一些大型医院和专科医院已经开始应用。以下是一些可以进行间充质干细胞治疗肾盂肾炎的医院：

1. 北京协和医院：作为国内知名的综合性医院之一，北京协和医院拥有先进的医疗设备和技术力量，其肾内科是国内最早开展间充质干细胞治疗肾盂肾炎的科室之一。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院：该医院肾内科是国内较早开展间充质干细胞治疗肾盂肾炎的科室之一，拥有丰富的临床经验和专业的医疗团队。

3. 复旦大学附属华山医院：该医院肾内科是国内较早开展间充质干细胞治疗肾盂肾炎的科室之一，拥有一流的医疗设备和技术力量，同时还有一支高水平的科研团队。

以上三家医院都是国内知名的大型医院或专科医院，具有较高的医疗水平和技术实力，可以为患者提供安全有效的间充质干细胞治疗服务。当然，选择哪家医院进行治疗还需要根据患者的具体情况和需求进行综合考虑。