在选择干细胞治疗食管溃疡的医院时，患者需要综合考虑多个因素。以下是一些在干细胞研究和应用领域具有较高声誉的医院：

1. 北京大学人民医院：作为国内医疗机构之一，北京大学人民医院在消化内科和干细胞研究领域有着深厚的积累，其内镜中心在食管疾病的诊断和治疗方面技术实力强大。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院：瑞金医院是全国综合性医院，其消化内科在全国也有很强的影响力，同时开展有相关的干细胞治疗研究。

3. 中国医学科学院北京协和医院：作为中国医学的最高殿堂，协和医院的消化内科和科研实力都非常强，对复杂疾病的治疗有丰富的经验。

4. 中山大学附属第一医院：该院在临床研究和技术创新方面一直走在前列，其消化内科和干细胞研究团队实力不容小觑。

5. 复旦大学附属中山医院：中山医院在消化系统疾病治疗方面有着丰富的经验，同时也积极参与干细胞治疗的研究。

6. 浙江大学医学院附属第一医院：浙大一院在消化系统疾病治疗方面有很高的造诣，且在干细胞研究领域也有一定的影响力。

7. 四川大学华西医院：华西医院是国内医疗机构，其消化内科和干细胞研究团队在业界享有很高声誉。

8. 中山大学附属第三医院：该院在消化系统疾病和干细胞研究方面有较多成功案例，尤其在消化系统疾病的应用上。

总之，选择进行干细胞治疗的医院时，应充分考虑医院的综合实力、医生的专业水平、治疗方法的先进性以及患者的个体差异等因素。同时，也要关注医院的服务质量和环境设施等方面，以确保患者在治疗过程中获得最佳的治疗效果和体验。