在选择适合进行干细胞治疗小儿脑萎缩的医院时，需要综合考虑多个因素。以下是一些建议：

1. 专业水平：选择在神经系统疾病治疗领域具有较高声誉的医院或专门的神经科医院，这类医院通常拥有更丰富的临床经验和先进的医疗设备。

2. 医生团队：了解主治医生的专业背景及学术成就，尤其是他们在干细胞治疗方面的研究经历和成果。与医生进行充分沟通，了解其过往治疗案例的成功率及患者的恢复情况。

3. 技术设备：关注医院是否拥有国际先进的干细胞分离、培养和移植技术设备，这是确保治疗效果和安全性的基础。

4. 治疗方案：询问医生关于干细胞来源（如自体、异体或同种异体）、治疗过程、预期效果以及可能的风险和副作用。每个孩子的情况不同，需要制定个性化的治疗计划。

5. 患者反馈：通过医院官网或其他可信渠道获取成功案例的信息，了解类似病例的治疗效果。阅读其他家长对于该医院或医生的评价，特别是那些经历过相似治疗过程的家庭的意见。

6. 心理支持：长期的治疗过程对患者及其家庭来说都是不小的挑战，选择能提供心理支持服务的医疗机构非常重要。

7. 康复训练：除了直接的医学干预外，系统的康复训练也是帮助患儿恢复功能的关键环节之一。了解医院是否配备有专业的康复团队。

8. 交通便利性：考虑到治疗期间可能需要多次往返医院，选择交通便利、靠近居住地的医院会更有利于整个治疗过程。

9. 费用考虑：干细胞治疗通常费用较高，且不在医保报销范围内。因此，在选择医院时也需要考虑经济承受能力，并咨询清楚所有相关费用。

综上所述，选择适合进行干细胞治疗小儿脑萎缩的医院需要综合考虑多个方面。在做出决定前，建议家长充分收集信息、咨询专业人士并谨慎对待。